O Instituto de Estudos Latino-Americanos faz parte da Escola Nacional de Estudos Políticos e Administrativos (SNSPA) com uma dupla subordinação: ao Senado da SNSPA e ao Conselho do Departamento de Relações Internacionais e Integração Europeia.
O ISLA está auto-financiando as suas atividades por meio dos fundos realizados através das atividades desempenhadas, recursos dos projetos em quais está envolvido ou está coordenando, patrocínios, doações e recursos dispostos pelos seus parceiros.
O Instituto será dirigido por um Conselho de Administração, presidido pelo Diretor do ISLA . Mais detalhes sobre a organização e a gestão do Instituto são apresentados no Regulamento de organização e funcionamento.