El Instituto de Estudios Latino-Americanos es parte de la Escuela Nacional de Estudios Políticos y Administrativos (SNSPA) y tiene una doble subordinación frente al Senado SNSPA y al Consejo del Departamento de Relaciones Internacionales e Integración Europea.
ISLA tiene una actividad autofinanciada por ingresos que provienen de las actividades realizadas, por fondos que provienen de proyectos en los que el centro es parte o a los que coordina, por patrocinios, donaciones y los recursos que sus socios ponen a su disposición.
El Instituto será dirigido por un Consejo Director, bajo la presidencia del director ISLA. Detalles suplementarios con respecto a la organización y la dirección del Instituto se encuentran en su Reglamento de organización y funcionamiento.